Tanto Pokémon Edas como Pokémon Perseida comparten mundo, lore, personajes, etc... Trás finalizar Pokémon Edas , podrás transferir la mayoria de los Pokémon obtenidos a Pokémon Perseida .

En Pokémon Perseida hay 3 niveles de dificultad, seleccionables desde Opciones y el inicio del juego : Fácil, Normal y Difícil, estos solo influyen en los combates. Puedes cambiar el nivel de dificultad en cualquier momento. De forma, que si tienes problemas con un combate, puedes cambiar a un nivel más fácil, derrotarlo y volver a la dificultad anterior. Multiplicadores de daño El ajuste en fácil hace que los enemigos reciban más daño y que el daño que te infligen a ti se reduzca, mientras que el ajuste difícil hace que los enemigos reciban menos daño y tú más. Fácil Normal Difícil Daño recibido Jugador x0.5 x1 x1.5 Daño recibido NPC x1.5 x1 x0.5 Otros Efectos Aparte de los multiplicadores de daño, los modos de dificultad tienen otros añadidos. Modo Fácil La IA siempre es algo mas estúpida. Los pokémon de entrenadores no tienen signos estelares asignados(excepto combates específicos que lo requieran o por coherencia). Modo dificil La IA...

Los Signos Estelares son una nueva mecánica que introduce Pokémon Perseida , estos son un rasgo innato que poseen los Pokémon al nacer, y se ve influido basándose en la constelación mayor bajo la que hayan nacido. Para que surtan efecto, necesitan estar vinculados a un entrenador con maná . Los Signos Estelares funcionan como una habilidad secundaria que aporta ciertas ventajas a su portador, como aumento de características dentro del combate, o habilidades que pueden usar fuera de este con ayuda del maná de su entrenador. También le dan al Pokémon la capacidad de utilizar un Poder Estelar, un poderoso movimiento que solo puede ser utilizado a cambio de maná. Usar este movimiento tambien despierta la autentica forma de algunos Pokémon. Los algunos Pokémon pueden no tener un signo estelar.  

El maná es una nueva mecánica en Pokémon Perseida y es mencionado numerosas veces en Pokémon Edas . El maná puede ser utilizado por el jugador en numerosas ocasiones, siendo necesario para utilizar ciertas funciones del Reloj Arcano y utilizar los Signos Estelares . El jugador posee una barra de Maná visible desde el menú principal y la interfaz de equipo que marca cuanto Maná tiene, esta barra va vaciándose usando ciertas opciones y se rellena lentamente al caminar.